1999 hat das Konsortium SMDK den richtungsweisenden Entscheid gefällt. Es hat einen internationalen Studienwettbewerb zur nachhaltigen Sanierung des gesamten Areals der Sondermülldeponie Kölliken ausgeschrieben. Die realistischen Vorschläge daraus empfahlen den vollständigen Rückbau des Deponiekörpers.
Vier Ingenieurunternehmen erhielten einen Studienauftrag. Die besten Ideen wurden zu einem Vorprojekt zusammengefasst, welches die Basis für die weitere Projektierung bildete. Diese wurde der IG Rückbau, einer international zusammengesetzten Ingenieurgemeinschaft, übertragen.
Im Juli 2003 erliess das Baudepartement des Kantons Aargau die Sanierungsverfügung nach Altlastenverordnung, welche das Konsortium SMDK zu einem vollständigen Sanierung der Deponie bis ins Jahr 2015 verpflichtet.
Das der Gemeinde Kölliken eingereichte Eingabeprojekt/Bauprojekt hat mehr als ein Dutzend Ordner gefüllt. Dank intensiver Mitwirkung der kantonalen und kommunalen Aufsichtsbehörden konnten beide Projekte in der Rekordzeit von weniger als eineinhalb Jahren ausgearbeitet und bewilligt werden. 

Für die Bewältigung des Rückbaus mussten drei luftdichte, unter Unterdruck stehende Hallen und ein Bahnanschluss gebaut werden:
- eine Lagerhalle
- eine Manipulationshalle
- eine Abbauhalle

Das ausgeschriebene Projekt hatte ursprünglich eine in mehreren Etappen umzusetzende Abbauhalle vorgesehen. Die Bevölkerung von Kölliken wurde in einem Kooperationsverfahren intensiv in die Projektentwicklung involviert.
Von der mit dem Los I (Infrastruktur) beauftragten ARGE SMDK Infra kam als so genannte Unternehmervariante der Vorschlag, sowohl die Manipulationshalle als auch die Abbauhalle ohne Stützen zu realisieren und die Decken der beiden Hallen an aussen liegenden Bogentragwerken mit bis zu 172 m Spannweite aufzuhängen.
Aufgrund dieses Vorschlags ist in Kölliken der zurzeit grösste stützenfreie Hallenkomplex Europas mit einer Grundfläche von 46 000m² entstanden. Dies entspricht etwa einer Fläche von sechs Fussballfeldern.

Es sind eine Lagerhalle, eine Manipulationshalle und eine Abbauhalle erstellt worden. Die drei Hallen und der Bahnanschluss sind in nur 15 Monaten resp. in 300 Arbeitstagen realisiert worden.

Der Bau begann mit der Lagerhalle und kann auf dem Zeitrafferfilm verfolgt werden. Unter der Lagerhalle sind Speicherbecken für Regen-, Schmutz- und Löschwasser entstanden. Die 60cm dicke Betondecke der Becken bildet einen Teil der Bodenplatte der Lagerhalle. Sie verfügt über eine lichte Höhe von 10,5 Metern und ist mit vorfabrizierten Betonstützen und Stahlträgern errichtet worden. Die Schüttboxen dienen der Zwischenlagerung des nicht kontaminierten, losen Materials aus der Oberflächenabdeckung.
Die in geschlossenen, dichten Containern verpackten Abfälle aus dem Deponiekörper werden bis zum Abtransport in die verschiedenen Entsorgungsanlagen ebenfalls hier zwischengelagert. Im Südteil befinden sich die Rangiergleise, die einen Abtransport per Bahn ermöglichen.
In der Lagerhalle befindet sich zudem die Behandlungsanlage für die Abluft. Sie besteht zur aus Staub- und Aktivkohlefiltern.

Der Bau der Manipulations- und der Abbauhalle begann mit den massiven armierten Wände auf dem umlaufenden Pfahlkopfriegel. Die Stahlelemente der Bogentragwerke wurden in Deutschland vorfabriziert, just-in-time angeliefert und vor Ort zu Halbbogen montiert. Mittels einer Montagebrücke und des grössten zu diesem Zeitpunkt in der Schweiz verfügbaren Raupenkrans wurden die Bogentragwerke errichtet und mit Windverbänden stabilisiert.
Der Bau der Halle hat gigantische Ausmasse: Sie überdeckt mit einer Fläche von 47 000m² die gesamte Deponie. Das Dach wird von 28 Bogentragwerken gehalten. Die grösste Spannweite liegt bei 169 Metern, die Stichhöhe der Bögen liegt bei maximal 32 Metern. Der Bereich der Manipulationshalle gehörte bereits zum Deponieperimeter. Deshalb musste nach der Fertigstellung der Hallen ab November 2007 zuerst planmässig die Beräumung dieser Halle in Angriff genommen werden. 2009/2010 konnte sie mit einem Betonboden versehen und mit modernster Technik ausgerüstet werden. Sie dient ab diesem Zeitpunkt der Triage, der Probenahme und der erneuten Verpackung der Abfälle.

Für den gesamten Hallenbau sind durch die ARGE INFRA Marti/Züblin 12 000 m³ Beton, 1 500t Armierungseisen und für die Bogentragwerke 6 000t Stahl verbaut worden.
Bis zur Fertigstellung der Infrastrukturbauten sind rund 12 500 Manntage (ohne Umbau Manipulationshalle) und über 75 Mio. CHF aufgewendet worden. 

Wasserkeller und Pfahlkopfriegel

Der Rückbau und die Entsorgung der Abfälle erfolgte im Los E durch die ARGE Phoenix.
In der Manipulationshalle und in der Abbauhalle wurde bei leichtem Unterdruck (10Pa) gesamthaft rund 620 000 Tonnen Material rückgebaut. Dieses bestand aus dem teilweise schwach kontaminierten Material der Deponieabdeckung, dem Deponiegut sowie aus dem Material der Deponiesohle. Für Rückbau, Probenahme, Verpackung und Transport bestanden hohe Sicherheitsauflagen. Die Baumaschinen verfügten über spezielle Grab- und Hebewerkzeuge.
Die Maschinenführer der Abbauteams betraten und verliessen die Baumaschinen über Docking-Stationen. Sie arbeiteten in luft- und staubdichten Kabinen mit eigener Frischluftversorgung.
Die SMDK hatte zum Ziel, möglichst viel Material mit der Bahn abzutransportieren. Der Bahnanschluss führte durch die Manipulationshalle.

Das rückgebaute Material verliess die SMDK über so genannte Entsorgungsschienen. Die SMDK hatte festgelegt, dass kein unbehandeltes Material aus dem Deponiekörper in Oberflächendeponien eingelagert wurde. Erlaubt waren lediglich Materialanteile aus der Deponieabdeckung. Diese mussten nach den strengen Richtlinien des Bundesamts für Umwelt (BAFU) in Inert-, Reststoff- und Reaktordeponien eingelagert werden.

Je nach Kontamination wurden auf den Entsorgungsschienen einzeln oder in Kombination für das rückgebaute Material beispielsweise folgende Behandlungsverfahren angewendet:
Verbrennung im Hochtemperaturofen
Organisch kontaminierte Abfälle wurden in Hochtemperaturöfen verbrannt. Anlagen mit ausreichender Kapazität standen dafür vorwiegend im Ausland zur Verfügung.
Thermische Bodenbehandlung
Bei der thermischen Bodenbehandlung wurden organische Schadstoffe bei 600°C ausgetrieben und verbrannt. So behandelt, konnte das Material im Bausektor weiterverwendet werden.
Bodenwäsche
Viele Stoffe, wie beispielsweise Salze, liessen sich nicht verbrennen. Sie und andere wasserlösliche Stoffe konnten aber gezielt aus dem Boden ausgewaschen werden. Schadstoffe wurden dabei mit hohem Wasserdruck von den Steinen und Sandkörnern abgeschwemmt und anschliessend aus dem Waschwasser eliminiert. Das so rezyklierte Bodenmaterial konte im Bausektor verwendet werden. Anlagen für die Bodenwäsche standen in der Schweiz und im Ausland zur Verfügung.
Vorbehandlung der Abfälle
Um eine möglichst optimale End-Entsorgung zu gewährleistungtoxische Stoffe, wurden rund 75% des Materials in einer Sortierung- und Aufbereitungsanlage triagiert und die dabei enstehenden Fraktionen analysiert und neu einer Entsorgungsschiene zugewiesen. Dadurch konnte auch vermieden werden, dass Abfall aus der SMDK als Gemisch in sog.  Untertagedeponien, eingerichtet in ehemaligen Salzbergwerken in Tiefen bis zu 800 Metern unter der Erdoberfläche eingelagert werden mussten.

 

Die Arge Triage-Kölliken, welche mit dem Los P+A (Probenahme und Analytik) befasst war, beprobte und analysierte laufend das freigelegte Material.

Die Probenahme erfolgte immer im Schwarz-Bereich, also in den kontaminierten Bereichen der Hallen. Für die Lösung dieser anspruchsvollen Aufgaben wurden eigens ferngesteuerte, maschinelle Werkzeuge entwickelt, die durch den im geschützten Beobachtungsraum stationierten Probenehmer bedient wurden.
Aus Sicherheitsgründen wurden die Probenahmen permanent durch Wärmebildkameras überwacht.

Während dem Rückbau wurden 300'000 Proben analysiert.
Dazu ist in Kölliken eigens ein Vor-Ort-Labor mit zwanzig Arbeitsplätzen erstellt worden. Das Labor wurde mit modernster Analysentechnik ausgerüstet und musste sowohl mit wechselnden Rückbaugeschwindigkeiten als auch mit einem stark variierenden Anfall von Proben Schritt halten. Die Analysenergebnisse mussten innert 48 Stunden nach der Probennahme vorgelegt werden können. Bei hohem Probenanfall und für Spezialanalysen stand zusätzlich ein externes Basislabor bereit. Die Laborarbeiten umfassten die Sichtung und Aufbereitung der Proben, die chemische Analyse auf Inhaltsstoffe und wasserlösliche Stoffe (Eluattests). Eingangs wurden die Proben nach äusserlichen Aspekten wie Aussehen, Farbe, Aggregatszustand usw. beurteilt. Anschliessend wurden die Entflammbarkeit, das Lösungsverhalten, die Ausgasung, die so genannten Leitparameter wie TOC, pH und der Wassergehalt gemessen. Die Analytik suchten weiter nach Schwermetallen wie z.B. Blei, Zink, Eisen, Quecksilber sowie nach Chlor- und Schwefelverbindungen, MKW, EOX, PAK, PCB usw. Die Analysen erfolgten mit modernsten Messgeräten wie z.B.  der Röntgenfluoreszenz-Analyse. Absenz oder Vorliegen der Stoffe einzeln oder in Kombination beeinflussten den Entscheid über die Wahl der Entsorgungsschiene.

Das Deponiemanagement-System (DMS) überwachte und dokumentierte den Rückbau, die Triage, den Transport und den Vollzug der Entsorgung des Deponiematerials. Aufgrund der Analysenresultate erfolgten die Triage, die Zuordnung zu den entsprechenden Entsorgungsschienen und die für den Abtransport geeignete Neuverpackung des rückgebauten Materials.
Das Los E gab die von ihm erhobenen Daten für jede Station des Abfalls in das System ein.
Die Resultate der durch das Los P+A erhobenen Proben und deren Analysen sowie die Zuordnung zu den Entsorgungsschienen wurden ebenfalls durch das System dokumentiert. Am Ende gab die Rückbestätigung der entsprechenden Entsorgungsanlage die Gewissheit, dass der Abfall ordnungsgemäss behandelt bzw. entsorgt worden ist.