Mit der Einrichtung und dem Betrieb einer geordneten Sondermülldeponie wollten die Initianten der unkontrollierten und vor allem der illegalen Entledigung giftiger Abfälle Einhalt gebieten. Sie sahen die Lösung in einer dafür geeigneten, offiziellen und zentralen Einrichtung.

Sie suchten nach geeigneten Standorten – und Kölliken zog dabei den Schwarzen Peter.
Die ehemalige Tongrube galt als dicht. Der artesische Druck des eindringenden Grundwassers liess den Standort nach dem damaligen Stand der Deponietechnik als sehr geeignet erscheinen. Gerade wegen dieser Druckverhältnisse wurde den Klüften im Molassegrund kaum Bedeutung beigemessen. Das Gefährdungspotenzial für das Grundwasser der Region durch eine Sondermülldeponie wurde massiv unterschätzt
 

Die Verantwortlichen waren absolut überzeugt, hier einen idealen Standort für eine Sondermülldeponie gefunden zu haben, bei dem man sogar auf eine zusätzliche Basisabdichtung verzichten könne.
Ohne viel Aufhebens wurde darum die Baubewilligung für eine Kehrichtdeponie per Dekret des Kantons Aargau über Nacht in eine Baubewilligung für eine Sondermülldeponie umfunktioniert. Die Unterschriften für die Gründung der SMDK wurden im Januar 1978 geleistet.
Mit der Kontrolle des angenommenen Sondermülls war das Personal von Anfang an überfordert, weil es dafür nicht ausgebildet war. Die Abfälle mussten zwar von der Industrie und vom Gewerbe mit einem Deklarationsformular angemeldet werden. Die Angaben über die Zusammensetzung der Stoffe waren aber teilweise so rudimentär, dass selbst ein Fachmann kaum hätte erahnen können, welche Probleme diese Abfälle später mit sich bringen könnten.
Der Sondermüll wurde in verschiedenartigen Gebinden angeliefert. Durch Korrosion wurden diese im Laufe der Zeit leck, und es wurden Schadstoffe freigesetzt. Bereits beim Einbau wurden Gebinde beschädigt.
Im Deponiekörper hat sich im Verlauf der Zeit neben den eingelagerten Stoffen zusätzlich eine unbekannte Zahl neuer Stoffe und Abbauprodukte gebildet. Mit dem Zutritt von Wasser wurden die Schadstoffe ausgeschwemmt.
 

In Kölliken wurden immer mehr negative Auswirkungen der Deponie festgestellt. Der Einbau des Sondermülls führte zu Emissionen von Staub und Lärm. Gestank lag in der Luft und suchte sich seinen Weg auch über die Kanalisation in die umliegenden Wohnhäuser. Im Dorfbach starben die Fische. Wasseranalysen bestätigten die Befürchtungen. Zusammen mit den unliebsamen Gerüchen verbreiteten sich Unmut und Angst. Die Medien bekamen Wind von der Sache. Der Widerstand der Bevölkerung begann sich zu formieren. Die Betreiber hielten sich indessen bedeckt, beschwichtigten und wiegelten ab.

Nach der sofortigen Schliessung durch die Gemeindebehörde im Jahr 1985 waren die Probleme aber noch keineswegs gelöst. Die Deponie produzierte Gase, und im Untergrund entwickelte sich eine Schmutzwasserfahne in Richtung des Grundwassers der Kölliker Rinne.
Allmählich erkannten die Verantwortlichen die Tragweite der Gefährdung, die aus der Sondermülldeponie Kölliken hervorging. Damit war endlich der Anstoss für eine effiziente Reorganisation des Konsortiums SMDK gegeben.
Das «Aus» hatte für die Anlieferer zur Folge, dass das kostengünstige Deponieren rasch an Akzeptanz verlor und die Diskussion über das Thema Sondermüll schweizweit öffentlich in Gang kam.
An einer Fernsehveranstaltung mit zugeschalteten Podien in Kölliken, Bern und Basel brandeten die Argumente hin und her.
Bemerkenswert war, dass es selbst in Kölliken Stimmen gab, die nach einer raschen Wiedereröffnung der Deponie riefen – unter anderem deshalb, «weil man das der Schweiz schuldig sei».